3ª Temporada
01 El exilio 
Tres meses han pasado desde que Clark se fuera lejos de Smallville, a Metrópolis. Pero la vida en la gran ciudad se le complica cuando da a conocer sus poderes y un importante criminal, Morgan Edge, le contrata para hacer un trabajo pero un enviado especial logrará impedirlo…. Mientras tanto, Lex ha conseguido sobrevivir al accidente de avión que tuvo y se encuentra en una isla desierta en la que tendrá que aguantar todo el tiempo que pueda.
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02 El ave fénix
Clark consigue librarse del anillo rojo y regresa a Smallville. Pero los pactos que realizó en Smallville con Morgan Edge no se acabaron. Morgan quiere lo que Clark robo del edificio de Lionel y está dispuesto a todo. Mientras Lex regresa a Smallville e intenta averiguar quién le traiciono constándole casi la vida.
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03 El exterminador
Un joven decide matar a todas las personas que adquirieron cualidades raras tras la lluvia de meteoritos debido a que Tina Greer mató a su padre. Tras entrar en la base de datos de Chloe sobre “El Muro de las Rarezas” va asesinando a uno tras otro. Entre sus objetivos…..Lex Luthor.
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04 Sueño
Clark se encuentra con situaciones muy preocupantes, bañándose con Lana en el lago, o consiguiendo que Lex descubra su secreto, pero descubrirá que todo es una señal de su nueva vecina que le está pidiendo socorro a través de los sueños. A todo esto, se le suma la insistencia por parte de Lionel de poner bajo tratamiento psicológico a su hijo.
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05 Perry White
Un meteorito a chocado contra el Sol lo que ha provocado unas graves emisiones de radiación solar hacia la Tierra, lo malo es que esos cambios continuos en la radiación hacen que Clark tenga problemas con sus poderes. A todo esto se le une la llegada de un reportero llamado Perry White que quiere investigar acerca de los sucesos ocurridos en Smallville pero acabará queriendo obtener información acerca de Clark Kent.
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06 Reliquia
Un antiguo familiar de Lana le cuenta una historia acerca de la muerte de su tí¬a-abuela en el año 1961. Le cuenta que el no la mató (el que está encerrado en la cárcel por el asesinato de su esposa) sino que lo hizo el Forastero. Lo que no sabía ninguno es que el Forastero es en realidad el padre de Clark, Jor-El.
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07 Magnético
Un compañero de clase de Lana tiene un accidente en el que está involucrado la kryptonita. En dicho accidente, Seth adquiere la capacidad de crear campos magnéticos para controlar los metales….. y a las personas. Con estos poderes hará que Lana esté a punto de abandonar Smallville y perder su relación con Clark. Mientras tanto, Chloe está en serios apuros tras haber investigado el pasado de Lionel Luthor para extorsionarle, tendrá que acudir a Lex para que le proteja.
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08 Destrozado
Morgan Edge, el que supuestamente habí¬a muerto en el muelle (ver episodio 3×02), está vivo y se ha cambiado la cara, la voz, el peinado para que nadie le reconozca, pero Lex está muy atento y le descubre y le hace contar todo el complot que preparo con Lionel para matar a sus abuelos.
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09 Manicomio
Lex no quiere quedarse en el lugar donde le ha encerrado su padre e intenta escaparse usando a Clark pero este no le ayuda en un principio. Dentro de la “prisión” están viejos conocidos de la serie, Eric (el que adquirió por unos dí¬as los poderes de Clark debido a una descarga eléctrica), Ian (el que era capaz de desdoblarse y estuvo saliendo con Chloe y Lana a la vez) y Van (el que querí¬a matar a todos los afectados por la kryptonita) elaboran un plan para acabar con Clark.
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10 Susurros
Clark intenta evitar un robo a un banco pero en el intento se queda ciego debido a que lanza una descarga de rayos pero uno de ellos rebota en una joya que estaba hecha de Kryptonita y el reflejo le impacta en los ojos dejándole ciego. Pero a cambio, Clark adquirirá la capacidad de oír ruidos lejanos o muy bajos. Gracias a estos descubrirá cosas acerca de Chloe y Lionel, y opiniones de sus padres, así como cosas de Lana.
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11 Borrar
Parece ser que Chloe tiene un enemigo muy fuerte y que quiere matarla, ¿será Lionel por lo sucedido en el episodio anterior? Pues parece que no. Lo que sucede es que el instituto mental de SommerHold (en el que estuvo retenido Ryan) tiene miedo de un reportaje que realizó la intrépida periodista y que podía cerrar el centro, por lo que la quieren matar.
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12 De ahora en adelante
Jordan Cross es un estudiante del instituto de Smallville y parece ser que tiene una habilidad muy interesante, ya que si Jordan toca a alguien o es tocado por alguien, el es capaz de ver cómo va a morir ese alguien. Jordan y Clark se aliaran para intentar que gente importante para ambos no muera a manos del profesor de educación física del instituto que intento suicidarse pero Clark lo evito.
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13 Velocidad
Pete ha estado ocultando a Clark que ha estado practicando el deporte ilegal de las carreras de coches. Pete se encontrará en peligro tras subirle el éxito a la cabeza y Clark tendrá que salvarle cuando este le advierte antes. Adam, que está viviendo en el piso de arriba del Talon, sigue con sus secretos que cada vez se hacen más evidentes para Lana, que gracias a la ayuda de Lex averiguo que murió hace algunos meses.
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14 Obsesión
El instituto de Smallville visita LuthorCorp y como siempre tiene que ocurrir algún accidente lo que provoca que Clark tenga que usar sus poderes ante Alicia (Sarah Carter, ver imagen). Pero Clark se quedara sorprendido al conocer que Alicia también tiene poderes debido a la lluvia de meteoritos. Es capaz de teletransportarse. Debido a que cada uno conoce su secreto, comenzara una historia de amor que acabara con la obsesión de Alicia por Clark.
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15 Resurrección
Jonathan tiene que ser operado de triple bypass debido a los sucesivos ataques al corazón que tiene. En el hospital Clark, intima un poco mas con un compañero de instituto, el cual, tiene un hermano ingresado, que posteriormente muere. Pero lo más raro es cuando Clark y su amigo se encuentran de nuevo con Vince (el hermano que había muerto) y Clark descubre que resucito, al igual que Adam, gracias a su sangre.
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16 Crisis
Clark recibe una llamada de Lana que está siendo perseguida por una persona… pero lo más raro es que esa llamada es del futuro. Clark, Lana, Pete y Chloe intentan evitar que la llamada se produzca de verdad pero resultara imposible ya que Adam pondrá todo lo que le queda de “vida” para acabar con Lana. Mientras tanto, Lionel se replantea su vida.
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17 Legado
Lionel parece estar cerca de descubrir el secreto de Clark y hace una visita al Dr. Swann para pedirle ayuda. Mientras tanto, parece que Jonathan esta, de alguna forma, comunicándose con Jor-El. Las consecuencias del pacto que hubo entre los dos están empezando a hacer acto de presencia.
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18 La verdad
Cuando Chloe inhala accidentalmente un gas misterioso compuesto por kryptonita, descubre que actúa como un suero de la verdad para todo aquel que entre en contacto con ella. Así¬, decide aprovecharse de ello y se dirige a la granja de los Kent para descubrir el secreto de Clark. Sin embargo, su nuevo poder conlleva fatales consecuencias de forma que Clark debe encontrar un antídoto antes de que ella descubra la verdad sobre él y lo que es peor, muera.
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19 Memoria
Creyendo que cierta información vital acerca del pasado de su padre (John Glover) se perdió al borrarse su memoria, Lex (Michael Rosenbaum) decide unirse al programa experimental del Dr. Garner (el actor invitado Martin Cummins) para recobrar la información y así¬ entregar a su padre al FBI. Sabiendo que Les descubrió su secreto si recupera la memoria, Clark (Tom Welling) intenta detenerle, pero es capturado por Lionel y el doctor, y expuesto al mismo tratamiento radical para que Lionel pueda resolver el misterio del pasado de Clark.
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20 Talismán
Cuando un indio Kawatche (estrella invitada Nathaniel Arcand) roba un mítico cuchillo de las cuevas, adquiere los mismos superpoderes que Clark (Tom Welling), haciendo que el joven crea que es el legendario Naman, “el hombre que vino de las estrellas”. Clark descubre que la leyenda Kawatche habla de un cuchillo capaz de matar a Naman por lo que debe recuperarlo antes de que el joven indio lo utilice contra Lionel (John Glover).
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21 Abandonado
Clark (Tom Welling) decide contarle a Lana (Kristin Kreuk) su secreto para que finalmente puedan estar juntos. Mientras tanto, un agente errante del FBI (estrella invitada Gary Hudson) secuestra a Pete (Sam Jones III) para intentar forzarle para que revele el secreto de Clark. También, Lex (Michael Rosenbaum) se preocupa cuando el FBI le da 24 horas para entregar la información sobre su padre (John Glover) o llegara el momento de ir a la cárcel, pero la ayuda llega a través de una fuente inesperada.
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22 El pacto
Las cosas llegan a un momento crítico en Smallville cuando una bella chica (estrella invitada Adrianne Palicki) con súper-poderes, que dice ser de Kriptón, llega para empujar a Clark (Tom Welling) a que afronte su destino. Abrumado, Clark pide consejo a sus padres (John Schneider y Annette Otoole) pero es sorprendido cuando Kara fuerza a Jonathan a revelar, finalmente, el pacto que realizó con Jor-El.
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